السَّلاَمُعَلَيْكُمْ وَرَحْمَةُ اللهِ
بِسْمِاللهِ الرَّحِيمِاالرَّحِيمِا
Bismillahirrahmanirrahim
Alhamdulillah, mata kuliah Teknologi Informasi pada semester gasal ini telah hampir selesai dengan penuh rangkaian tugas yang sangat bermanfaat untuk diri pribadi saya khususnya dan umumnya untuk para pengunjung diblog saya. Dimana banyak ilmu-ilmu pengetahuan yang dapat menjadi manfaat buat temen-temen yang mengunjungi blog ini. Dan semoga materi-materi disini dapat menambah wawasan teman-teman. Amien…..
Kali ini saya akan mencoba membahas tentang informasi yang sangat menarik untuk dibahas, yakni tentang informasi yang bertema tentang “Aquaculture Bioinformatic” dan saya mengambil judul pada jurnal yakni penelitian tentang
"Systematic sequencing of mRNA from the Antarctic krill (Euphausia superba) and first tissue specific transcriptional signature”
Untuk journalnya temen-temen dapat melihatnya dengan mengeklik tautan dibawah ini
Organisme yang dilakukan penelitian pada jurnal diatas adalah sejenis Crustacea yakni udang krill antartika yang memiliki nama latin (Euphasia superba). Udang jenis ini sangat berlimpah dalam ekosistem pelagis dari semua samudera. Banyak nelayan menangkap jenis udang ini kemudian dibudidayakan untuk pakan akuarium, untuk bahan umpan dalam memancing dan untuk industry farmasi.
Pengetahuan dasar tentang biologi crustacean dibatasi oleh kurangnya informasi tentang genom mereka. Ada sekitar 85 spesies Euphausiacea yang kemudian digolongkan dalam kelas Malacostraca. Kemudian peneliti mempertimbangkan semua perintah di kelas Malacostraca, genomnya belum sepenuhnya diurutkan. Saat ini Genbank membawa 116.640 nukleotida dan protein urutan 11.932. Dengan redundasi tingkat tinggi. Saat ini hanya nukleotida 434 dan 310 urutan protein telah diidentifikasi dalam Euphausiacea.
Dalam penelitian jurnal diatas memiliki tujuan yakni untuk meningkatkan jumlah gen krill dalam database public dan untuk menemukan jaringan gen spesifik. Kemudian mereka telah menghasilkan dan mengurutkan lima jaringan pada perpustakaan cDNA dari berbagai krill antartika (Euphasia superba), yakni jaringan : kepala, perut thoracopods dan photophores. Pembangunan perpustakaan cDNA dan analisis EST RNA total diisolasi dari jaringan independen (kepala, perut thoracopods dan photophores) membelah dari spesies E. superba yang dikumpulkan di lima waktu yang berbeda. Lima cDNA perpustakaan independen yang dibangun, bernama K01 dan K05 (kepala), K06 (Perut), K07 (photophores) dan k09 (thoracopods).
Pengembangan metode baru yang dilakukan peneliti ini menggunakan kombinasi SMART protocol (Clontenc), yang dapat memastikan cDNA dan Gatewai teknologi (Invitrogen) yang memungkinkan searah cloning tanpa pencernaan enzimatik. Dalam protokol ini cDNA ditranskripsi (ss) cDNA ditandai dengan urutan singkat untuk melengkapi modifikasi dari Smart oligo, dengan sekuens (SMART-16attB1-T3:5’ TACAAAAAAGCAGGCTAACCCTCACTAAAGGG-3) dan dari prier (dT) oligo (5’-GGGGACCACTTGTACAAGAAAGCTGGGCGGCCGC(dT)20 VN-3’) yang digunakan untuk sintesis utama termasuk Attb1 dan Attb2 situs rekumendasi masing-masing.
Dalam manajemen data Komputer, yakni menggunakan program Trace2dbest dan Partigene yang digunakan untuk proses kromatogram, urutan clusterize yang membangun penjelasan database. Trace2dbest yakni sekuens ekstrak dan kualitas informal dari jejak (Phred algorithm), yang menghilangkan kontaminasi vector dan poli (A) dan melakukan pemangkasan urutan berkualitas rendah. Yang lebih pendek dari urutan 100 bp dibuang. Partiegen akan membaca semua file dalam dua langkah, yakni :
1. Perangkat lunak CLOBB clusterizes urutan yang berdasarkan BLAST kesamaan.
2. Phrap yakni program yang dapat membuat consensus dari setiap cluster
Membangun setiap consensus kemudian dikonversi dalam format FASTA, dan atur lokal dalam data base nukleotida, download dari NCBI dan UniProtKB data base, dengan menggunakan BLAST-N dan ledakan X, masing- masing. Dari setiap hasil dikumpulkan dn disimpan di table lokal PostgreSQL sebagai kumpulan penjelasan otomatis. Setiap penjelasan cluster dalam database secara manual diperiksa untuk menetapkan teks terbaik yang menjelaskan kepada koresponden Cluster.
Kesimpulan.
Berdasarkan penelitian Jurnal mengenai Udang Krill Antartika (Euphasia superba) yang dapat dibudidayakan oleh para pembudidaya yakni untuk memberi makan ikan pada akuarium, untuk bahan umpan untuk memancing ikan, dan untuk Industri Farmasi dimana sistematis sekuensing mRNA pada Udang Krill Antartika (Euphasia superba) tersebut menerapkan program bioinformatika didalam penelitiannya, yakni dengan menggunakan perangkat lunak Trace2dbest yang berperan dalam sekuens ekstrak dan kualitas informal dari jejak (Phred algorithm), yang menghilangkan kontaminasi vector dan poli (A) dan melakukan pemangkasan urutan berkualitas rendah. Dan menggunakan Program Partiegen. Yang dapat membaca semua file dengan dua langkah yakni dengan Perangkat lunak CLOBB clusterizes urutan yang berdasarkan BLAST kesamaan dan Phrap yakni program yang dapat membuat consensus dari setiap cluster.
اَلْحَمْدُلِلّهِ
alhamdulillah... Semoga Bermanfaat yach .... ^_^
MUHAMMAD RIDWAN ISKANDAR
26010210170004
BDP
0 komentar:
Posting Komentar