Bioinformatika pada Bidang Aquaculture

Hai hai hai….  ^_^

Kali ini saya mendapatkan Tugas dari mata Kuliah Teknologi Informasi untuk memposting tentang Bioinformatika di dalam Budidaya Perairan,

Sebelum Memasuki Apa sih peran Bioinformatika didalam Bidang Aquaculture, alangkah baiknya kita perlu mengetahui lebih dulu APA SICH BIOINFORMATIKA ITU??????

Bioinformatika merupakan salah satu ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi di bidang molekuler, mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisa informasi hayati, bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino

Nach Setelah mengetahui arti Bioinformatika, sekarang apa sih bentuk aplikasi atau peran Bioinformatika dalam bidang Aquaculture????

Komoditas perikanan saat ini semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan pada perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit.

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi  mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.

Seiring dengan kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetik yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetik ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software-software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakan dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan produktivitas budidaya perikanan.

Contoh penerapanya yaitu penelitian tentang :

Kloning cDNA Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)

Untuk jurnalnya bisa didownload dengan mengeklik disini...!

Seperti yang telah dijelaskan pada Jurnal diatas menerangkan bahwa penelitian tersebut mempunyai tujuan untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetik ikan gurami. Seperti yang temen-temen ketahui bahwa pertumbuhan Ikan gurami tergolong lambat dan hal tersebut merupakan suatu masalah dalam kegiatan Budidaya Ikan Gurami. Untuk itu Penelitian ini dilakukan dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu mempercepat pertumbuhan ikan gurame.

Menurut jurnal yang saya baca, hormon pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. Setelah dilakukan sekuensing, kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Program BLAST ini digunakan untuk mengetahui apakah sekuens nukleotida hasil sekuensing mirip dengan gen-gen GH yang ada dibank gen.

gambar. pengoperasian program BLAST di komputer

Contoh penerapan lainnya yaitu penelitian tentang :

Amidated fish ghrelin: purification, cDNA cloning in the Japanese eel and its biological activity

untuk jurnalnya dapat dilihat dengan mengeklik >> DISINI<<

Seperti yang telah dijelaskan pada Jurnal diatas, berdasarkan review dari jurnal yang saya pahami diatas bahwa Pemurnian untuk Kloning cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin dan berisi struktur amida pada akhir C-terminal. Dua bentuk molekul dari ekstrak ghrelin pada Anguila japonica memiliki 21 macam asam amino yang diidentifikasi oleh analisis spektrometri cDNA dan massa yaitu Belut ghrelin-21, SSU (O-n-octanoyl) FLSPSQRPQGKDKKPPRV-amida dan belut ghrelin-21-C10 (on-decanoyl) FLSPSQRPQGKDKKPPRV-amida. Analisis tersebut mengungkapkan ekspresi gen tinggi terletak pada perut. Rendahnya tingkat ekspresi ditemukan hanya didalam otak, usus, ginjal. Belut ghrelin-21 pada dosis 0,1 nM merangsang pelepasan GH dan PRL, pernyataan tersebut menunjukkan ghrelin yang bertindak langsung pada hipofisis. Dari penjelasan pernyataan diatas dapat dijelaskan bahwa ghrelin terletak di perut ikan dan memiiki kemampuan untuk merangsang sekresi GH dari ikan hipofisis. 

Dari hasil pemurnian cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin tersebut disimpan pada DDBJ / EMBL / database Genbank dengan nomor aksesi AB062427. Genkbank adalah bagian dari data base kolaborasi urutan Nukleotida internasional. Yang terdiri dari DNA DataBank of Japan (DDBJ), (European Molecular Biology Laboratory (EMBL) dan Genbank dari NCBI. Ketiga organisasi tersebut melakukan pertukaran data setiap hari. Hal ini menunjukkan bahwa penerapan Bioinformatika dalam penelitian diatas memang perlu digunakan.

 

KESIMPULAN

Seiring banyaknya penelitian untuk meningkatkan hasil Budidaya Perikanan salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Pada penelitian tersebut dilakukan tahap sekuensing yaitu tahap penentuan struktur primer rantai biopoliper tak bercabang yang menghasilkan penggambaran linier simbolik yang disebut sekuens yang meringkas sebagian struktur tingkat atom atas moleku yang disekuensing. Pada Jurnal tentang Kloning cDNA Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurami (Osphronemus gouramy) menjelaskan Penentuan sekuensing tersebut dilakukan dengan salah satu software atau program bioinformatika yakni Program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool ) yaitu kumpulan program untuk database mencari sekuens bilogis dengan menggunakan algoritma BLAST untuk membandingkan urutan DNA ke database sekuens protein atau DNA. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar-benar merupakan hormon yang dimaksud diantara jutaan hormon yang lain. Kemudian pada Jurnal yang kedua yakni penelitian tentang Amidated fish ghrelin: purification, cDNA cloning in the Japanese eel and its biological activity menerangkan bahwa hasil dari pemurnian cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin tersebut disimpan pada DDBJ / EMBL / database Genbank. dimana Genbank adalah Genkbank adalah bagian dari data base kolaborasi urutan Nukleotida internasional. 

Nama : Muhammad Ridwan Iskandar

Nim : 26010210170004

Prodi : BDP

SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS DAN PENGINDERAAN JAUH

Pengertian SIG

Sistem Informasi Geografi (SIG) atau Geographic Information System (GIS) adalah suatu sistem informasi yang dirancang untuk bekerja dengan data yang bereferensi spasial atau berkoordinat geografi.

Analisis Jurnal

Penentuan fishing ground  Tuna dan Cakalang dengan Teknologi Penginderaan  jauh

Oleh : Chatarina Nurjati Supadiningsih dan Nurul Rosana

Potensi Tuna (Thunus sp)dan Cakalang (Katsuwonus pelamis) diperairam Indonesia adalah 780.040 ton. Walaupun secara nasional Pemanfatan sumberdaya tuna dan cakalang masih dapat dilakukan, namun pemanfaatannya tidak merata di seluruh perairan Indonesia.

Tuna (Thunus sp) dan Cakalang (Katsuwonus pelamis) adalah ikan perenang cepat dan hidup bergerombol (schooling) sewaktu mencari makan. Kecepatan renang ikan dapat mencapai 50 km/jam. Kemampuan renang ini adalah salah satu faktor yang menyebabkan penyebarannya skala ruang (wilayah geografis) yang cukup luas. Termasuk diantaranya beberapa spesies yang dapat menyebar dan bermigrasi lintas samudra. 

Jenis tuna dan cakalang menyebar luas di seluruh perairan tropis dan subtropics. Penyebaran jenis-jenis tuna dan cakalang tidak dipengaruhi oleh garis bujur (longitude) tetapi dipengaruhi oleh perbedaan garis lintang (latitude). Di Samudera Hindia dan Samudra Atlantik menyebar diantara 40 deajat LS dan 40 derajat LS. Khususnya di Indonesia, tuna hampir didapatkan menyebar di seluruh perairan Indonesia. Di Indonesia bagian barat meliputi Samudra Hindia, sepanjang Pantai Utara dan timur Aceh, pantai barat Sumatera, selatan Jawa, Bali dan Nusa Tenggara. Di perairan Indoseia bagian timur meliputi Laut Banda Flores, Halmahera, Maluku, Sulawesi, perairan Pasifik di sebelah utara Irian Jaya dan Selat Makasar.

Penentuan daerah penangkapan tuna dan cakalang dilakukan dengan menggunakan data inderaja yakni dengan menggunakan citra satelit yang dihasilkan terhadap beberapa parameter fisika kimiadan biologi perairan. Hal ini yang dilakukan diantaranya adalah pengamatan suhu permukaan laut (SPL). Pengangkatan massa air (up-welling) ataupun pertemuan dua massa air yang berbeda (sea front) dan perkiraan kandungan klorofil di suatu perairan. Hasil pengamatan tersebut dituangkan dalam bentuk peta kontur,sehingga dapat diperkirakan tingkat kesuburan suatu lokasi perairanatau kesesuaian kondisi perairan dengan habitat yang disenangi suatu gerombolan (schoaling) tuna dan cakalang berdasarkan kordinat lintang dan bujur.

Satelit NOAA merupakan satelit cuaca yang berfungsi mengamati lingkungan dan cuaca. Sensor utama Satelit NOAA adalah AVHRR (Advance Very High Resolution Radiometer) untuk pengamatan lingkungan dan cuaca yang dapat memberikan informasi kelautan, seperti suhu permukaan laut yang berguna untuk mendeteksi keberadaan ikan. Sedangkan data SeaWifs adalah data klorofil atau zat hijau daun. Data ini digunakan untuk mendeteksi suatu front yang dapat dijadikan indikasi bahwa daerah tersebut adalah tempat berkumpulnya ikan tuna dan cakalang. Kemudian massa air hangat yang bertemu dengan massa air dingin menjadi perangkap dengan suhu 22 – 23 derajat celcius. Ikan cakalang ini bergerak mengikuti air hangat menuju daerah mencari makanan (feeding area). Seperti halnya Iakn Cakalang, Ikan tuna biru (Bluefin tuna) memanfaatkan cincin air hangat dalam suhu sekitar 19 derajat celcius dalam ruayanya. Dari data hasil tersebut bahwa tingkah laku ikan akan mengintepretasikan citra satelit yang digunakan dalam pembuatan sebuah peta fishing ground tuna dan cakalang.

Jurnal penelitian selengkapnya dapat didownload dengan mengeklik disini....!!!

Contoh Peta Daerah Fishing ground dengan menggunakan Citra Satelit NOAA

               

Kesimpulan

1.    Penentuan daerah penangkapan ikan tuna dan cakalang dapat dilakukan dengan menggunakan teknologi inderaja

2.   Pengetahuan mengenai faktor oseanografi serta tingkah laku ikan tuna dan cakalang sangat penting untuk mengintepretasikan citra satelit yang digunakan dalam pembuatan peta fishing ground tuna dan cakalang.

Semoga Bermanfaat....  ^_^

materi Ekoper bdp

Temen2 udda tak terasa EKOPER udda berakhir, ayokk kita persiapkan matang-matang untuk menghadapi UAS,untuk materi ekoper sendiri ada 8 ppt, OHP dan buku nybakken 1988 hal 1 – 35, untuk mendownload materi 1 ppt ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 2ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 3ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 4ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 5ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 6ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 7ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 8ekoper klik disini yach...!!! 

sukses y temen2 orang tua udda menunggu kesuksesan kita dirumah...... ^_^