Materi SP Aver... ^^

Hai Pren Prenku BDP terimakasih udda mengakses blog saya..,,  hahaha

Temen2 SP Aver tinggal 1 pertemuan lagi lhuh..,,

untuk materi avertebrata Bu Suryanti ada tambahan 2 materi

Yaitu Crustacea Untuk PPTnya bisa di download >>DISINI<<

Dan LOBSTER untuk PPTnya bisa di download >>DISINI<<

OO…,,  IIyyaaa…. Jangan Lupa materinya wajib di print ya biar waktu kuliah nanti bisa di tandai point2nya

Temen2ku…,, sekedar untuk mempromosikan juga nie lagu ciptaanku,,  tapi masih solo gitar…,,

Judulnya kerend lhuh…,, yaitu “Teman Sejati”

Jadi bagi temen2 yang ingin mengenang temen2 sewaktu kecil sampai sekarang, temen2 wajib ne dengerin lagu ne,,,,   ^^

Kalau penasaran pengen dengerin gimana sihh  lagunya…

Temen2 bisa mendownload lagunya >>disiniya…<<!!!

Matur Suwun….  ^^

UAS Teknologi Informasi

 السَّلاَمُعَلَيْكُمْ وَرَحْمَةُ اللهِ

 بِسْمِاللهِ الرَّحِيمِاالرَّحِيمِا

Bismillahirrahmanirrahim

Alhamdulillah, mata kuliah Teknologi Informasi pada semester gasal ini telah hampir selesai dengan penuh rangkaian tugas yang sangat bermanfaat untuk diri pribadi saya khususnya dan umumnya untuk para pengunjung diblog saya. Dimana banyak ilmu-ilmu pengetahuan yang dapat menjadi manfaat buat temen-temen yang mengunjungi blog ini. Dan semoga materi-materi disini dapat menambah wawasan teman-teman. Amien…..

Kali ini saya akan mencoba membahas tentang informasi yang sangat menarik untuk dibahas, yakni tentang informasi yang bertema tentang “Aquaculture Bioinformatic” dan saya mengambil judul pada jurnal yakni penelitian tentang

"Systematic sequencing of mRNA from the Antarctic krill (Euphausia superba) and first tissue specific transcriptional signature”

Untuk journalnya temen-temen dapat melihatnya dengan mengeklik tautan dibawah ini

http://www.springerlink.com/content/43185p2116677016/fulltext.pdf

Organisme yang dilakukan penelitian pada jurnal diatas adalah sejenis Crustacea yakni udang krill antartika yang memiliki nama latin (Euphasia superba). Udang jenis ini sangat berlimpah dalam ekosistem pelagis dari semua samudera. Banyak nelayan menangkap jenis udang ini kemudian dibudidayakan untuk pakan akuarium, untuk bahan umpan dalam memancing dan untuk industry farmasi.

  Gambar. (Euphasia superba)

Pengetahuan dasar tentang biologi crustacean dibatasi oleh kurangnya informasi tentang genom mereka. Ada sekitar 85 spesies Euphausiacea yang kemudian digolongkan dalam kelas Malacostraca. Kemudian peneliti mempertimbangkan semua perintah di kelas Malacostraca, genomnya belum sepenuhnya diurutkan. Saat ini Genbank membawa 116.640 nukleotida dan protein  urutan 11.932. Dengan redundasi tingkat tinggi. Saat ini hanya nukleotida 434 dan 310 urutan protein telah diidentifikasi dalam Euphausiacea.

Dalam penelitian jurnal diatas memiliki tujuan yakni untuk meningkatkan jumlah gen krill dalam database public dan untuk menemukan jaringan gen spesifik. Kemudian mereka telah menghasilkan dan mengurutkan lima jaringan pada perpustakaan cDNA dari berbagai krill antartika (Euphasia superba), yakni jaringan : kepala, perut thoracopods dan photophores. Pembangunan perpustakaan cDNA dan analisis EST RNA total diisolasi dari jaringan independen (kepala, perut thoracopods dan photophores) membelah dari spesies E. superba yang dikumpulkan di lima waktu yang berbeda. Lima cDNA perpustakaan independen yang dibangun, bernama K01 dan K05 (kepala), K06 (Perut), K07 (photophores) dan k09 (thoracopods).

Pengembangan metode baru yang dilakukan peneliti ini menggunakan kombinasi SMART protocol (Clontenc), yang dapat memastikan cDNA dan Gatewai teknologi (Invitrogen) yang memungkinkan searah cloning tanpa pencernaan enzimatik. Dalam protokol ini cDNA ditranskripsi (ss) cDNA ditandai dengan urutan singkat untuk melengkapi modifikasi dari Smart oligo, dengan sekuens (SMART-16attB1-T3:5’ TACAAAAAAGCAGGCTAACCCTCACTAAAGGG-3) dan dari prier (dT) oligo (5’-GGGGACCACTTGTACAAGAAAGCTGGGCGGCCGC(dT)20 VN-3’)  yang digunakan untuk sintesis utama termasuk Attb1 dan Attb2 situs rekumendasi masing-masing.

Dalam manajemen data Komputer, yakni menggunakan program Trace2dbest dan Partigene yang digunakan untuk proses kromatogram, urutan clusterize yang membangun penjelasan database. Trace2dbest yakni sekuens ekstrak dan kualitas informal dari jejak (Phred algorithm), yang menghilangkan kontaminasi vector dan poli (A) dan melakukan pemangkasan urutan berkualitas rendah. Yang lebih pendek dari urutan 100 bp dibuang. Partiegen akan membaca semua file dalam dua langkah, yakni :

1.      Perangkat lunak CLOBB clusterizes urutan yang berdasarkan BLAST kesamaan.

2.      Phrap yakni program yang dapat membuat consensus dari setiap cluster

Membangun setiap consensus kemudian dikonversi dalam format FASTA, dan atur lokal dalam data base nukleotida, download dari NCBI dan UniProtKB data base, dengan menggunakan BLAST-N dan ledakan X, masing- masing. Dari setiap hasil dikumpulkan dn disimpan di table lokal PostgreSQL sebagai kumpulan penjelasan otomatis. Setiap penjelasan cluster dalam database secara manual diperiksa untuk menetapkan teks terbaik yang menjelaskan kepada koresponden Cluster.

Kesimpulan.

Berdasarkan penelitian Jurnal mengenai Udang Krill Antartika (Euphasia superba) yang dapat dibudidayakan oleh para pembudidaya yakni untuk memberi makan ikan pada akuarium, untuk bahan umpan untuk memancing ikan, dan untuk Industri Farmasi dimana sistematis sekuensing mRNA pada Udang Krill Antartika (Euphasia superba) tersebut menerapkan program bioinformatika didalam penelitiannya, yakni dengan menggunakan perangkat lunak Trace2dbest yang berperan dalam sekuens ekstrak dan kualitas informal dari jejak (Phred algorithm), yang menghilangkan kontaminasi vector dan poli (A) dan melakukan pemangkasan urutan berkualitas rendah. Dan menggunakan Program Partiegen. Yang dapat membaca semua file dengan dua langkah yakni dengan Perangkat lunak CLOBB clusterizes urutan yang berdasarkan BLAST kesamaan dan Phrap yakni program yang dapat membuat consensus dari setiap cluster.

اَلْحَمْدُلِلّهِ 

alhamdulillah...   Semoga Bermanfaat yach .... ^_^

MUHAMMAD RIDWAN ISKANDAR

26010210170004

BDP

Bioinformatika pada Bidang Aquaculture

Hai hai hai….  ^_^

Kali ini saya mendapatkan Tugas dari mata Kuliah Teknologi Informasi untuk memposting tentang Bioinformatika di dalam Budidaya Perairan,

Sebelum Memasuki Apa sih peran Bioinformatika didalam Bidang Aquaculture, alangkah baiknya kita perlu mengetahui lebih dulu APA SICH BIOINFORMATIKA ITU??????

Bioinformatika merupakan salah satu ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi di bidang molekuler, mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisa informasi hayati, bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino

Nach Setelah mengetahui arti Bioinformatika, sekarang apa sih bentuk aplikasi atau peran Bioinformatika dalam bidang Aquaculture????

Komoditas perikanan saat ini semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan pada perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit.

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi  mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.

Seiring dengan kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetik yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetik ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software-software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakan dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan produktivitas budidaya perikanan.

Contoh penerapanya yaitu penelitian tentang :

Kloning cDNA Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)

Untuk jurnalnya bisa didownload dengan mengeklik disini...!

Seperti yang telah dijelaskan pada Jurnal diatas menerangkan bahwa penelitian tersebut mempunyai tujuan untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetik ikan gurami. Seperti yang temen-temen ketahui bahwa pertumbuhan Ikan gurami tergolong lambat dan hal tersebut merupakan suatu masalah dalam kegiatan Budidaya Ikan Gurami. Untuk itu Penelitian ini dilakukan dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu mempercepat pertumbuhan ikan gurame.

Menurut jurnal yang saya baca, hormon pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. Setelah dilakukan sekuensing, kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Program BLAST ini digunakan untuk mengetahui apakah sekuens nukleotida hasil sekuensing mirip dengan gen-gen GH yang ada dibank gen.

gambar. pengoperasian program BLAST di komputer

Contoh penerapan lainnya yaitu penelitian tentang :

Amidated fish ghrelin: purification, cDNA cloning in the Japanese eel and its biological activity

untuk jurnalnya dapat dilihat dengan mengeklik >> DISINI<<

Seperti yang telah dijelaskan pada Jurnal diatas, berdasarkan review dari jurnal yang saya pahami diatas bahwa Pemurnian untuk Kloning cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin dan berisi struktur amida pada akhir C-terminal. Dua bentuk molekul dari ekstrak ghrelin pada Anguila japonica memiliki 21 macam asam amino yang diidentifikasi oleh analisis spektrometri cDNA dan massa yaitu Belut ghrelin-21, SSU (O-n-octanoyl) FLSPSQRPQGKDKKPPRV-amida dan belut ghrelin-21-C10 (on-decanoyl) FLSPSQRPQGKDKKPPRV-amida. Analisis tersebut mengungkapkan ekspresi gen tinggi terletak pada perut. Rendahnya tingkat ekspresi ditemukan hanya didalam otak, usus, ginjal. Belut ghrelin-21 pada dosis 0,1 nM merangsang pelepasan GH dan PRL, pernyataan tersebut menunjukkan ghrelin yang bertindak langsung pada hipofisis. Dari penjelasan pernyataan diatas dapat dijelaskan bahwa ghrelin terletak di perut ikan dan memiiki kemampuan untuk merangsang sekresi GH dari ikan hipofisis. 

Dari hasil pemurnian cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin tersebut disimpan pada DDBJ / EMBL / database Genbank dengan nomor aksesi AB062427. Genkbank adalah bagian dari data base kolaborasi urutan Nukleotida internasional. Yang terdiri dari DNA DataBank of Japan (DDBJ), (European Molecular Biology Laboratory (EMBL) dan Genbank dari NCBI. Ketiga organisasi tersebut melakukan pertukaran data setiap hari. Hal ini menunjukkan bahwa penerapan Bioinformatika dalam penelitian diatas memang perlu digunakan.

 

KESIMPULAN

Seiring banyaknya penelitian untuk meningkatkan hasil Budidaya Perikanan salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Pada penelitian tersebut dilakukan tahap sekuensing yaitu tahap penentuan struktur primer rantai biopoliper tak bercabang yang menghasilkan penggambaran linier simbolik yang disebut sekuens yang meringkas sebagian struktur tingkat atom atas moleku yang disekuensing. Pada Jurnal tentang Kloning cDNA Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurami (Osphronemus gouramy) menjelaskan Penentuan sekuensing tersebut dilakukan dengan salah satu software atau program bioinformatika yakni Program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool ) yaitu kumpulan program untuk database mencari sekuens bilogis dengan menggunakan algoritma BLAST untuk membandingkan urutan DNA ke database sekuens protein atau DNA. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar-benar merupakan hormon yang dimaksud diantara jutaan hormon yang lain. Kemudian pada Jurnal yang kedua yakni penelitian tentang Amidated fish ghrelin: purification, cDNA cloning in the Japanese eel and its biological activity menerangkan bahwa hasil dari pemurnian cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin tersebut disimpan pada DDBJ / EMBL / database Genbank. dimana Genbank adalah Genkbank adalah bagian dari data base kolaborasi urutan Nukleotida internasional. 

Nama : Muhammad Ridwan Iskandar

Nim : 26010210170004

Prodi : BDP

SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS DAN PENGINDERAAN JAUH

Pengertian SIG

Sistem Informasi Geografi (SIG) atau Geographic Information System (GIS) adalah suatu sistem informasi yang dirancang untuk bekerja dengan data yang bereferensi spasial atau berkoordinat geografi.

Analisis Jurnal

Penentuan fishing ground  Tuna dan Cakalang dengan Teknologi Penginderaan  jauh

Oleh : Chatarina Nurjati Supadiningsih dan Nurul Rosana

Potensi Tuna (Thunus sp)dan Cakalang (Katsuwonus pelamis) diperairam Indonesia adalah 780.040 ton. Walaupun secara nasional Pemanfatan sumberdaya tuna dan cakalang masih dapat dilakukan, namun pemanfaatannya tidak merata di seluruh perairan Indonesia.

Tuna (Thunus sp) dan Cakalang (Katsuwonus pelamis) adalah ikan perenang cepat dan hidup bergerombol (schooling) sewaktu mencari makan. Kecepatan renang ikan dapat mencapai 50 km/jam. Kemampuan renang ini adalah salah satu faktor yang menyebabkan penyebarannya skala ruang (wilayah geografis) yang cukup luas. Termasuk diantaranya beberapa spesies yang dapat menyebar dan bermigrasi lintas samudra. 

Jenis tuna dan cakalang menyebar luas di seluruh perairan tropis dan subtropics. Penyebaran jenis-jenis tuna dan cakalang tidak dipengaruhi oleh garis bujur (longitude) tetapi dipengaruhi oleh perbedaan garis lintang (latitude). Di Samudera Hindia dan Samudra Atlantik menyebar diantara 40 deajat LS dan 40 derajat LS. Khususnya di Indonesia, tuna hampir didapatkan menyebar di seluruh perairan Indonesia. Di Indonesia bagian barat meliputi Samudra Hindia, sepanjang Pantai Utara dan timur Aceh, pantai barat Sumatera, selatan Jawa, Bali dan Nusa Tenggara. Di perairan Indoseia bagian timur meliputi Laut Banda Flores, Halmahera, Maluku, Sulawesi, perairan Pasifik di sebelah utara Irian Jaya dan Selat Makasar.

Penentuan daerah penangkapan tuna dan cakalang dilakukan dengan menggunakan data inderaja yakni dengan menggunakan citra satelit yang dihasilkan terhadap beberapa parameter fisika kimiadan biologi perairan. Hal ini yang dilakukan diantaranya adalah pengamatan suhu permukaan laut (SPL). Pengangkatan massa air (up-welling) ataupun pertemuan dua massa air yang berbeda (sea front) dan perkiraan kandungan klorofil di suatu perairan. Hasil pengamatan tersebut dituangkan dalam bentuk peta kontur,sehingga dapat diperkirakan tingkat kesuburan suatu lokasi perairanatau kesesuaian kondisi perairan dengan habitat yang disenangi suatu gerombolan (schoaling) tuna dan cakalang berdasarkan kordinat lintang dan bujur.

Satelit NOAA merupakan satelit cuaca yang berfungsi mengamati lingkungan dan cuaca. Sensor utama Satelit NOAA adalah AVHRR (Advance Very High Resolution Radiometer) untuk pengamatan lingkungan dan cuaca yang dapat memberikan informasi kelautan, seperti suhu permukaan laut yang berguna untuk mendeteksi keberadaan ikan. Sedangkan data SeaWifs adalah data klorofil atau zat hijau daun. Data ini digunakan untuk mendeteksi suatu front yang dapat dijadikan indikasi bahwa daerah tersebut adalah tempat berkumpulnya ikan tuna dan cakalang. Kemudian massa air hangat yang bertemu dengan massa air dingin menjadi perangkap dengan suhu 22 – 23 derajat celcius. Ikan cakalang ini bergerak mengikuti air hangat menuju daerah mencari makanan (feeding area). Seperti halnya Iakn Cakalang, Ikan tuna biru (Bluefin tuna) memanfaatkan cincin air hangat dalam suhu sekitar 19 derajat celcius dalam ruayanya. Dari data hasil tersebut bahwa tingkah laku ikan akan mengintepretasikan citra satelit yang digunakan dalam pembuatan sebuah peta fishing ground tuna dan cakalang.

Jurnal penelitian selengkapnya dapat didownload dengan mengeklik disini....!!!

Contoh Peta Daerah Fishing ground dengan menggunakan Citra Satelit NOAA

               

Kesimpulan

1.    Penentuan daerah penangkapan ikan tuna dan cakalang dapat dilakukan dengan menggunakan teknologi inderaja

2.   Pengetahuan mengenai faktor oseanografi serta tingkah laku ikan tuna dan cakalang sangat penting untuk mengintepretasikan citra satelit yang digunakan dalam pembuatan peta fishing ground tuna dan cakalang.

Semoga Bermanfaat....  ^_^

materi Ekoper bdp

Temen2 udda tak terasa EKOPER udda berakhir, ayokk kita persiapkan matang-matang untuk menghadapi UAS,untuk materi ekoper sendiri ada 8 ppt, OHP dan buku nybakken 1988 hal 1 – 35, untuk mendownload materi 1 ppt ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 2ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 3ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 4ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 5ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 6ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 7ekoper klik disini yach...!!!

untuk mendownload materi 8ekoper klik disini yach...!!! 

sukses y temen2 orang tua udda menunggu kesuksesan kita dirumah...... ^_^ 

BIOINFORMATIKA

BIOINFORMATIKA

           Secara umum, Bioinformatika dapat digambarkan sebagai: segala bentuk penggunaan komputer dalam menangani informasi-informasi biologi. Dalam prakteknya, definisi yang digunakan oleh kebanyakan orang bersifat lebih terperinci. Bioinformatika menurut kebanyakan orang adalah satu sinonim dari komputasi biologi molekul (penggunaan komputer dalam menandai karakterisasi dari komponenkomponen molekul dari makhluk hidup).

Cabang-cabang yang Terkait dengan Bioinformatika 

1. Biophysic 

                  Biologi molekul sendiri merupakan pengembangan yang lahir dari biophysics. Biophysics adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society).  

2. Computational Biology 

                Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Tak dapat dielakkan bahwa Biologi Molekul cukup penting dalam computational biology, namun itu bukanlah inti dari disiplin ilmu ini. Pada penerapan computational biology, model-model statistika untuk fenomena biologi lebih disukai dipakai dibandingkan dengan model sebenarnya. Dalam beberapa hal cara tersebut cukup baik mengingat pada kasus tertentu eksperimen langsung pada fenomenabiologi cukup sulit. 

  3. Medical Informatic 

               Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics adalah "sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis." 

 4. Cheminformatics 

                Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute's Sixth Annual Cheminformatics conference). Pengertian disiplin ilmu yang disebutkan di atas lebih merupakan identifikasi dari salah satu aktivitas yang paling populer dibandingkan dengan berbagai bidang studi yang mungkin ada di bawah bidang ini. 

5. Genomics 

                   Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari gen di dalam genom yang representatif.  

6. Mathematical Biolog 

             Mathematical biology lebih mudah dibedakan dengan Bioinformatika daripada computational biology dengan Bioinformatika. Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam softwaremaupun hardware. Bahkan metode yang dipakai tidak perlu "menyelesaikan" masalah apapun; dalam mathematical biology bisa dianggap beralasan untuk mempublikasikan sebuah hasil yang hanya menyatakan bahwa suatu masalah biologi berada pada kelas umum tertentu. 

7. Proteomic 

                Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Ilmu yang mempelajari proteome, yang disebut proteomics, pada saat ini tidak hanya memperhatikan semua protein di dalam sel yang diberikan, tetapi juga himpunan dari semua bentuk isoform dan modifikasi dari semua protein, interaksi diantaranya,deskripsi struktural dari proteinprotein dan kompleks-kompleks orde tingkat tinggi dari protein, dan mengenai masalah tersebut hampir semua pasca genom.

 PROGRAM - PROGRAM BIOINFORMATIKA

              Sehari-harinya bionformatika dikerjakan dengan menggunakan program pencari sekuen (sequence search) seperti BLAST, program analisa sekuen (sequence analysis) seperti EMBOSS dan paket Staden, program prediksi struktur seperti THREADER atau PHD atau program imaging/modelling seperti RasMol dan WHATIF. Contoh-contoh di atas memperlihatkan bahwa telah banyak program pendukung yang mudah di akses dan dipelajari untuk menggunakan Bioinformatika 

KONDISI BIOINFORMATIKA DI INDONESIA

                  Di Indonesia, Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Hal ini dapat dimaklumi karena penggunaan komputer sebagai alat bantu belum merupakan budaya. Bahkan di kalangan peneliti sendiri, barangkali hanya para peneliti biologi molekul yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-perangkat Bioinformatika untuk analisa data. Sementara di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian. Ketersediaan database dasar (DNA, protein) yang bersifat terbuka/gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga daripadanya. Database genom manusia sudah disepakati akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan, sehingga dapat digali/diketahui kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran/farmasi. Dari sinilah Indonesia dapat ikut berperan mengembangkan Bioinformatika. Kerjasama antara peneliti bioteknologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi TI seperti programmer, dan sebagainya akan sangat berperan dalam kemajuan Bioinformatika Indonesia nantinya. 

PENERAPAN BIOINFORMATIKA DI INDONESIA

          Sebagai kajian yang masih baru, Indonesia seharusnya berperan aktif dalam mengembangkan Bioinformatika ini. Paling tidak,sebagai tempat tinggal lebih dari 300 suku bangsa yang berbeda akan menjadi sumber genom, karena besarnya variasi genetiknya. Belum lagi variasi species flora maupun fauna yang berlimpah. Memang ada sejumlah pakar yang telah mengikuti perkembangan Bioinformatika ini, misalnya para peneliti dalam Lembaga Biologi Molekul Eijkman. Mereka cukup berperan aktif dalam memanfaatkan kajian Bioinformatika. Bahkan, lembaga ini telah memberikan beberapa sumbangan cukup berarti, antara lain:

 1. Deteksi Kelainan Janin 

         Lembaga Biologi Molekul Eijkman bekerja sama dengan Bagian Obstetri dan Ginekologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia dan Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo sejak November 2001 mengembangkan klinik genetik untuk mendeteksi secara dini sejumlah penyakit genetik yang menimbulkan gangguan pertumbuhan fisik maupun retardasi mental seperti antara lain, talasemia dan sindroma down. Kelainan ini bisa diperiksa sejak janin masih berusia beberapa minggu. 

 2. Pengembangan Vaksin Hepatitis B Rekombinan 

       Lembaga Biologi Molekul Eijkman bekerja sama dengan PT Bio Farma (BUMN Departemen Kesehatan yang memproduksi vaksin) sejak tahun 1999 mengembangkan vaksin Hepatitis B rekombinan, yaitu vaksin yang dibuat lewat rekayasa genetika. Selain itu Lembaga Eijkman juga bekerja sama dengan PT Diagnosia Dipobiotek untuk mengembangkan kit diagnostik. 

3. Meringankan Kelumpuhan dengan Rekayasa RNA 

         Kasus kelumpuhan distrofi (Duchenne Muscular Dystrophy) yang menurun kini dapat dikurangi tingkat keparahannya dengan terapi gen. Kelumpuhan ini akibat ketidaknormalan gen distrofin pada kromosom X sehingga hanya diderita anak laki-laki. Diperkirakan satu dari 3.500 pria di dunia mengalami kelainan ini.Dengan memperbaiki susunan ekson atau bagian penyusun RNA gen tersebut pada hewan percobaan tikus, terbukti mengurangi tingkat kelumpuhan saat pertumbuhannya menjadi dewasa. Sumber : http://kambing.ui.ac.id/bebas/v06/Kuliah/SistemOperasi/2003/50/Bioinformatika.pdf

NCBI (National Centre Bioteknology Information)

National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah bagian dari Amerika Serikat National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health. Para NCBI terletak di Bethesda, Maryland (38.994994 ° N 77.099339 ° WCoordinates: 38.994994 ° N 77.099339 ° B) dan didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi disponsori oleh Senator Claude Pepper. Para NCBI rumah sekuensing genom data dalam GenBank dan indeks artikel penelitian biomedis di PubMed Central dan PubMed, serta informasi lain yang relevan dengan bioteknologi. Semua database yang tersedia secara online melalui mesin pencari Entrez.
NCBI diarahkan oleh David Lipman, salah satu penulis asli dari program BLAST urutan alignment dan seorang tokoh yang dihormati di Bioinformatika. Dia juga memimpin program penelitian intramural, termasuk kelompok yang dipimpin oleh Stephen Altschul (BLAST lain co-penulis), David penghuni darat, dan Eugene Koonin (seorang penulis produktif di genomik komparatif).

Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA sejak 1992. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa (EMBL) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ) .
Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D), dbSNP database polimorfisme nukleotida tunggal, Koleksi Gene Urutan unik Manusia, Peta Gene dari genom manusia, Browser Taksonomi, dan koordinat dengan National Cancer Institute untuk menyediakan Proyek Genome Kanker Anatomi. Para NCBI memberikan pengenal unik (nomor ID Taksonomi) untuk setiap spesies organisme.
Para NCBI memiliki alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melalui FTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank dalam waktu kurang dari 15 detik.

Rak Buku pada NCBI adalah kumpulan tersedia secara bebas, download, on-line versi buku biomedis yang dipilih. Sejak April 2011, Rak Buku telah ada 845 judul yang meliputi berbagai topik termasuk biologi molekuler, biokimia, biologi sel, genetika, mikrobiologi, menyatakan penyakit dari titik molekuler dan seluler pandang, metode penelitian, dan virologi. Beberapa buku adalah versi online dari buku yang diterbitkan sebelumnya, sementara yang lain, seperti Coffee Break (buku), yang ditulis dan diedit oleh NCBI staf. Bookshelf adalah pelengkap repositori Entrez PubMed peer-review abstrak publikasi dalam bahwa isi Bookshelf memberikan perspektif didirikan pada bidang berkembang studi dan konteks di mana banyak potongan individu yang berbeda dari penelitian yang dilaporkan dapat diatur.