Hai hai hai…. ^_^
Kali ini saya mendapatkan Tugas dari mata Kuliah Teknologi Informasi untuk memposting tentang Bioinformatika di dalam Budidaya Perairan,
Sebelum Memasuki Apa sih peran Bioinformatika didalam Bidang Aquaculture, alangkah baiknya kita perlu mengetahui lebih dulu APA SICH BIOINFORMATIKA ITU??????
Bioinformatika merupakan salah satu ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi di bidang molekuler, mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisa informasi hayati, bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino
Nach Setelah mengetahui arti Bioinformatika, sekarang apa sih bentuk aplikasi atau peran Bioinformatika dalam bidang Aquaculture????
Komoditas perikanan saat ini semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan pada perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit.
Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.
Seiring dengan kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetik yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetik ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software-software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakan dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan produktivitas budidaya perikanan.
Contoh penerapanya yaitu penelitian tentang :
Kloning cDNA Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurami (Osphronemus gouramy)
Untuk jurnalnya bisa didownload dengan mengeklik disini...!
Seperti yang telah dijelaskan pada Jurnal diatas menerangkan bahwa penelitian tersebut mempunyai tujuan untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetik ikan gurami. Seperti yang temen-temen ketahui bahwa pertumbuhan Ikan gurami tergolong lambat dan hal tersebut merupakan suatu masalah dalam kegiatan Budidaya Ikan Gurami. Untuk itu Penelitian ini dilakukan dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu mempercepat pertumbuhan ikan gurame.
Menurut jurnal yang saya baca, hormon pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. Setelah dilakukan sekuensing, kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Program BLAST ini digunakan untuk mengetahui apakah sekuens nukleotida hasil sekuensing mirip dengan gen-gen GH yang ada dibank gen.
gambar. pengoperasian program BLAST di komputer
Contoh penerapan lainnya yaitu penelitian tentang :
Amidated fish ghrelin: purification, cDNA cloning in the Japanese eel and its biological activity
untuk jurnalnya dapat dilihat dengan mengeklik >> DISINI<<
Seperti yang telah dijelaskan pada Jurnal diatas, berdasarkan review dari jurnal yang saya pahami diatas bahwa Pemurnian untuk Kloning cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin dan berisi struktur amida pada akhir C-terminal. Dua bentuk molekul dari ekstrak ghrelin pada Anguila japonica memiliki 21 macam asam amino yang diidentifikasi oleh analisis spektrometri cDNA dan massa yaitu Belut ghrelin-21, SSU (O-n-octanoyl) FLSPSQRPQGKDKKPPRV-amida dan belut ghrelin-21-C10 (on-decanoyl) FLSPSQRPQGKDKKPPRV-amida. Analisis tersebut mengungkapkan ekspresi gen tinggi terletak pada perut. Rendahnya tingkat ekspresi ditemukan hanya didalam otak, usus, ginjal. Belut ghrelin-21 pada dosis 0,1 nM merangsang pelepasan GH dan PRL, pernyataan tersebut menunjukkan ghrelin yang bertindak langsung pada hipofisis. Dari penjelasan pernyataan diatas dapat dijelaskan bahwa ghrelin terletak di perut ikan dan memiiki kemampuan untuk merangsang sekresi GH dari ikan hipofisis.
Dari hasil pemurnian cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin tersebut disimpan pada DDBJ / EMBL / database Genbank dengan nomor aksesi AB062427. Genkbank adalah bagian dari data base kolaborasi urutan Nukleotida internasional. Yang terdiri dari DNA DataBank of Japan (DDBJ), (European Molecular Biology Laboratory (EMBL) dan Genbank dari NCBI. Ketiga organisasi tersebut melakukan pertukaran data setiap hari. Hal ini menunjukkan bahwa penerapan Bioinformatika dalam penelitian diatas memang perlu digunakan.
KESIMPULAN
Seiring banyaknya penelitian untuk meningkatkan hasil Budidaya Perikanan salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Pada penelitian tersebut dilakukan tahap sekuensing yaitu tahap penentuan struktur primer rantai biopoliper tak bercabang yang menghasilkan penggambaran linier simbolik yang disebut sekuens yang meringkas sebagian struktur tingkat atom atas moleku yang disekuensing. Pada Jurnal tentang Kloning cDNA Hormon Pertumbuhan Dari Ikan Gurami (Osphronemus gouramy) menjelaskan Penentuan sekuensing tersebut dilakukan dengan salah satu software atau program bioinformatika yakni Program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool ) yaitu kumpulan program untuk database mencari sekuens bilogis dengan menggunakan algoritma BLAST untuk membandingkan urutan DNA ke database sekuens protein atau DNA. Bila tidak ada program BLAST, mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar-benar merupakan hormon yang dimaksud diantara jutaan hormon yang lain. Kemudian pada Jurnal yang kedua yakni penelitian tentang Amidated fish ghrelin: purification, cDNA cloning in the Japanese eel and its biological activity menerangkan bahwa hasil dari pemurnian cDNA Belut di Jepang (Anguila japonica) memiliki ekstrak ghrelin tersebut disimpan pada DDBJ / EMBL / database Genbank. dimana Genbank adalah Genkbank adalah bagian dari data base kolaborasi urutan Nukleotida internasional.
Nama : Muhammad Ridwan Iskandar
Nim : 26010210170004
Prodi : BDP
0 komentar:
Posting Komentar